Nació en Siria. El nombre de su padre era Siriaco. Fue uno de los representantes del papa Agatón en el VI Concilio Ecuménico llevado a cabo en Constantinopla en el año 680. Fue el encargado de llevar a Roma los decretos del Concilio para su ratificación. Juan V gozó de gran favor de parte del emperador Constantino IV, que como muestra de buena voluntad, le redujo los impuestos a la iglesia. Su biógrafo lo describe como un hombre letrado que mostraba a la vez gran energía y mesura. Coronado el 23 de julio del año 685. Fue el primer papa de su tiempo que no se vio obligado a esperar la confirmación del emperador en Constantinopla. Hizo cuanto pudo por preservar y acrecentar la supremacía del papado sobre los obispos de otras regiones. Se le recuerda por su generosidad, pues en el tiempo de su reinado usó fondos del Vaticano para asegurarse que cada iglesia tuviera lo necesario para socorrer a los pobres. Juan V murió el 2 de agosto del año 686 y fue enterrado en Roma.