Nació en Roma, Italia. El nombre de su padre era Rufiano. Mientras el papa Martín I era todavía prisionero del emperador Constante II, Eugenio I fue elegido en Roma como su sucesor. Su biógrafo lo describe como un hombre apacible y generoso. Su promoción a la silla papal se debió principalmente a la presión ejercida por el emperador que buscaba un sustituto para Martín I, quien desde su exilio desaprobó la elección. Una vez coronado, Eugenio I envió a Constantinopla el informe de su elección y su profesión de fe. Los emisarios papales no pudieron completar su misión y volvieron con un emisario del emperador Constante II y una carta del nuevo patriarca u obispo de Constantinopla, de nombre Pedro. La carta era de naturaleza monotelista y al ser leída fue recha- zada enérgicamente por todo el cuerpo eclesiástico de Roma. Tanto fue el furor provocado por la carta de Pedro de Constantinopla, que los obispos encerraron a Eugenio I en la basílica donde se habían reunido, llamada “de Santa María” y no lo dejaron salir hasta que prometió no aceptar ninguna comunión con los monotelistas. El delegado del empe- rador de Constantinopla informó lo que había resuelto Eugenio I y la iglesia de Roma, a lo que Constante II respondió con lenguaje procaz y prometió que en cuanto se dieran las circunstancias iba a asar vivos a Eugenio y sus seguidores, de la forma en que lo había hecho con Martín I. La amenaza nunca se concretó, ya que en el año 654, los musulmanes tomaron Rodas y en el 655 derrotaron a Constante II en la batalla naval de Fenix. No disponemos de la fecha exacta de la muerte de Eugenio I, pero se supone que murió el 2 o 3 de junio del año 657 y fue enterrado en Roma.