Nació en Roma, Italia, fue llevado al poder por una facción política romana. En dos ocasiones diferentes había sido llamado al orden y despojado de sus privilegios eclesiásticos. Reinó durante dos semanas al final de las cuales, unos sostienen que murió de gota y otros dicen que fue asesinado para dar paso a la elección de Esteban VII, el candidato propuesto por la influyente familia Espoleto. En el Concilio de Roma del año 898, convocado por el papa Juan IX, la elección de Bonifacio VI fue declarada nula.