El nombre de su padre era Pedro. Conocido como un hombre asceta y de gran erudición. A la muerte de León IV o a la muerte de la papisa Juana, fue elegido inmediatamente para la sucesión papal. Sin pérdida de tiempo se despacharon emisarios que notificarían de la elección a los emperadores Lotario I y Luis II. El cardenal Anastasio que había sido excomulgado por León IV, logró el apoyo de Lotario y su hijo Luis II que intentaron imponerlo como nuevo papa. A la llegada de los embajadores imperiales a Roma, Benedicto III fue menospreciado y puesto en prisión, pero la mayor parte de clérigos de Roma mantuvieron su fidelidad a Benedicto por lo que finalmente los enviados imperiales reconocieron su elección. Benedicto III fue coronado a finales de septiembre o principios de octubre del año 855. Continuó la restauración de las iglesias dañadas por los sarracenos. Benedicto III murió el 17 de abril del año 858 y fue enterrado en Roma.