Nació en Roma, Italia. Fue elegido papa el 10 de mayo del año 946. Durante su reinado tuvo que hacer frente al control absoluto que Alberico, el regente de Roma pretendía imponer. Luchó por restablecer el orden y la disciplina en iglesias y conventos. Junto a un grupo de nobles romanos, apoyó al emperador Otto el Grande en su primer intento de invadir Italia. Mientras Agapito II todavía vivía, Alberico nombró a su hijo Octaviano como sucesor papal, quien después sería coronado como Juan XII. Alberico forzó a todos los clérigos a jurar que al momento de suceder a Agapito II apoyarían la elección de Octaviano. Agapito II murió en agosto del año 956.