El nombre de sus padres era Gozelón, duque de la baja Lorena y Junca, hija de Berengarius II, rey de Italia. Su nombre era Federico. Conocido como hombre maduro, de admirable carácter y conocimientos. En 1051, el papa León IX lo nombró canciller de la iglesia. En 1057 fue nombrado abad de Montecassino. A la muerte de Victor II fue elegido como su sucesor. Coronado el 3 de agosto de 1057. Envió al cardenal Hildebrando (que llegaría a ser el papa Gregorio VIII) a Milán con el propósito de revisar lo actuado por el clero cuya moral dejaba mucho que desear. Esteban IX estaba tratando de frenar el avance de los normandos y reiniciar el diálogo con la iglesia de Constantinopla cuando murió en Florencia, Italia, el 29 de marzo de 1058.