De ascendencia germánica. El nombre de su padre era Sigisbaldo. Durante el reinado del papa Félix IV, tuvo gran influencia en los círculos políticos y eclesiásticos. Realmente no fue elegido, sino contrario a la tradición, fue nombrado sucesor por el papa Félix IV que yacía en su lecho de muerte y amenazó con excomulgar a todo aquel que no se sujetara ni apoyara a Bonifacio II. Al morir su benefactor, Bonifacio II asumió inmediatamente el papado. La mayoría de los clérigos romanos se opusieron a la sucesión hereditaria y eligieron como papa a Dióscoro. El 22 de septiembre del año 530 fueron investidos los dos papas. Bonifacio II en la basílica de Julius y Dióscoro en la basílica de Letrán ambas en Roma. Así comenzaba el séptimo cisma antipapal. Esa situación duró solamente tres semanas, pues Dióscoro murió en condiciones ignoradas el 14 de octubre del año 530. En diciembre del mismo año, Bonifacio II convocó a un sínodo en el que presentó un decreto por el cual anatematizaba al finado Dióscoro. En ese sínodo Bonifacio II se aseguró de conseguir el apoyo de todos los que habían participado en la elección de Dióscoro; cada uno de ellos expresó su arrepentimiento y juraron lealtad a Bonifacio II. Durante su administración, Bonifacio se mostró conciliador aunque muchos obispos mantuvieron cierta hostilidad y resentimiento por la sucesión que lo llevó al trono. En el año 531, en un sínodo sostenido en Roma, Bonifacio emitió un decreto que le daba el derecho de nombrar a su sucesor. Aunque no de buen grado, todos aceptaron el decreto y juraron obediencia al sucesor que impusiera el actual papa. El sucesor sería Vigilio, pero en un sínodo posterior, el mismo Bonifacio II quemó el mencionado decreto. Bonifacio II murió en octubre del año 532.